Mygales et ADN

Bonjour à tous,

Bon voilà jusqu'à il y a peu, je pensais que les "test ADN" n'avaient encore jamais été fait sur les mygales. Je parle de test ADN pour la systématique hein, la différentiation, je me doute bien que pour l'étude des venin, leur synthèse et leur métabolisme il y a eu du clonage dans l'air.

Je regardais des photos de mygales (comme je le fais chaque fois que j'ai du temps de libre en fait) et je me disais qu'autant il est simple de dire que telle ou telle espèce ne sont pas de proches cousines, autant pour d'autres, j'ai du mal (mais vraiment beaucoup de mal) à me dire qu'elles ne sont, soit pas du même genre, soit pas de la même espèce.

Alors je me demandais, savez-vous quelle(s) séquences ADN est (sont) utilisée(s) pour faire ce séquençage et cette différentiation (famille/genre/espèce) ?

De mémoire, lorsque je bossais sur les champignons, on utilisait la séquence d'ADN codant pour l'ARNr 18S de la petite sous-unité du ribosome (18S chez les eucaryotes et 16S chez les procaryotes) qui est très conservé au fil de l'évolution pour des organismes phylogéniquement éloignés et les séquences ADN inter-géniques situées entre les ADNr 18S et 5.8S et entre les ADNr 5.8S et 28S qui par contre sont non-codantes donc fortement soumises aux variations pour les organismes proches...

Est-ce pareil pour les mygales ou utilise-t-on d'autres séquences génomiques ? Utilise-t-on le calcul du pourcentage (G+C) ?

Enfin, question certes un peu con, mais je la pose tout de même, les mygales ont-elles les mêmes ARN ribosomiques que nous (28S, 5.8S, 5S pour la grande sous-unité et 18S pour la petite sous-unité) ?

Voili voilou.
Bull

waou Bull, la c'est technique ton post ... Etant plutot scientifique je comprend un peu, mais la va falloir que des speciliste se penchent sur tes interrogations!
Good luck.... Et tiens nous au courant, jsui sur que des personnes du fofo pourront t'orienter....

Intéressent , surtout pour différencié les aphonopelma des brachypelma

moi aussi ca m interresse! Mais n ayant pas de grandes connaissances scientifiques de ce coté là, une vulgarisation du sujet serait la bienvenue. Merci pour celui qui voudra se dévouer.

je suis pas mal paumé en genetique mais jai deja lu deux trois trucs sur les serpents où oui la genetique etait utilisé pour differencier especes ect...
après je ne pense pas qu'il y est assez de travaux sur les mygales pour s'interesser a la genetique de ces bestioles...nous les mygaleux on est un peu délaissé coté recherche ^^

Bonjour,

Bah pour ma part je peux vous expliquer les ribosomes et les 3 techniques utilisées pour la systématique que je connais : ADNr, (G+C)% et hybridation des ADN (je maîtrise beaucoup moins ce dernier chapitre mais il doit bien me rester encore quelques souvenirs)...
Pourquoi on les utilise pour la systématique procaryote et eucaryote (enfin moi j'ai travaillé que sur les champignons mais c'est pareil pour les autres eucaryotes je suppose).

Mais je ne sais pas du tout quelle technique est utilisée pour les mygales... D'où ma question...
Mais j'ai cru lire que JM Verdez avait dit qu'un Allemand était venu parler de ses travaux sur la génétique mygalistique. Et comme il m'a semblé lire quelque part que la vocation du GEA était aussi de faire le lien en scientifique et passionnés, je me suis dit que peut-être certaines personnes du milieu auraient pu me renseigner...

Bull

Salut,

Stuart Longhorn utilise la séquence génomique codant pour l'ARNr 16S et une protéine adjacente pour ses études sur la phylogénie des mygales.

Je ne sais pas si le rapport G+C est utilisé, de toute façon ce rapport sert principalement à montrer l'homogénéité d'un groupe non? (Ce rapport revenait surtout dans mes cours de Bacterio, afin de montrer que des genres tels Corynebacterium avaient un GC% avec une large gamme d'où l'explosion du genre en différents genres...). Je ne sais pas s'il est utile pour différencier des espèces d'un même genre, surtout si tu as le séquençage.

@+
Benoît

Ménart Benoît a écrit:Salut,
Stuart Longhorn utilise la séquence génomique codant pour l'ARNr 16S et une protéine adjacente pour ses études sur la phylogénie des mygales.

Bonjour,

Merci pour ta réponse. Tu es sûre qu'il s'agit de l'ADNr (ou ARNr ça revient au même) 16S ??? Car le 16S est censé être typique des procaryotes... C'est pas le 18S plutôt ?

Pour répondre au %(G+C), il a été prouvé que le % en bases puriques et pyrimidiques de l'ADN pouvait varier, mais qu'il restait relativement constant au sein d'une même espèce.

Chez les procaryotes, les %(G + C) sont très variés (entre 25 et 75% en gros de mémoire). Donc en systématique, on considère que des bactéries dont les %(G + C) diffèrent de plus de 5% ne font plus partie de la même espèce et au-delà de 10% qu'elles ne font plus partie du même genre. Le truc c'est que ce seul rapport n'est pas suffisant car un % proche ne signifie pas des organismes proches. Car cette valeur "quantitative" n'apporte aucune info "qualitative" à savoir si les positions de ces bases sont proches ou non.

C'est pour ça que je me demandais s'il pouvait y avoir une éventuelle pertinence à utiliser cette méthode chez les mygales... D'autant que je ne sais même pas si elle est réellement utilisée chez les eucaryotes. Chez les procaryotes c'est sûre mais chez les eucaryotes.......

Merci
Bull

Eric D a écrit:

Ménart Benoît a écrit:Salut,
Stuart Longhorn utilise la séquence génomique codant pour l'ARNr 16S et une protéine adjacente pour ses études sur la phylogénie des mygales.

Merci pour ta réponse. Tu es sûre qu'il s'agit de l'ADNr (ou ARNr ça revient au même) 16S ??? Car le 16S est censé être typique des procaryotes... C'est pas le 18S plutôt ?

C'est ce que Stuart m'a écrit. Je dois avoir des PDF sur ce sujet, je vais y jeter un oeil. La fac remonte à deux trois ans, et j'étais orienté bacterio, donc je peux pas en dire plus

Eric D a écrit:
Chez les procaryotes, les %(G + C) sont très variés (entre 25 et 75% en gros de mémoire). Donc en systématique, on considère que des bactéries dont les %(G + C) diffèrent de plus de 5% ne font plus partie de la même espèce et au-delà de 10% qu'elles ne font plus partie du même genre. Le truc c'est que ce seul rapport n'est pas suffisant car un % proche ne signifie pas des organismes proches. Car cette valeur "quantitative" n'apporte aucune info "qualitative" à savoir si les positions de ces bases sont proches ou non.

C'est pour ça que je me demandais s'il pouvait y avoir une éventuelle pertinence à utiliser cette méthode chez les mygales... D'autant que je ne sais même pas si elle est réellement utilisée chez les eucaryotes. Chez les procaryotes c'est sûre mais chez les eucaryotes.......

C'est sûr, c'est formidable ce rapport... on se retrouve devant des cas ou des Bacilles gram négatifs sont plus proches de cocci gram positif que d'autres BG-...
Je ne pense pas que le quantitatif ait un intérêt pour la phylognénie, surtout sur des espèces proches.

à toute,
Benoît

Bonjour,

En fait il n'est pas une méthode à part entière mais plutôt une méthode complémentaire. Genre une fois que tu as identifié un genre, tu te retrouves avec des bactoches et tu veux savoir si oui ou non elles font partie du genre... Alors tu compares les proportions G+C pour savoir si oui ou non elles sont à mettre dans le même sac...

Concernant les ARNr, chez les eucaryotes la petite sous-unité du ribosome comporte un ARNr 18S et la grande sous-untié comporte 3 ARNr : 5S, 28S et 5.8S. Chez les procaryotes la petite sous-unité comporte un ARNr 16S et la grande sous-unité deux ARNr 23S et 5S.

Donc je trouve surprenant qu'il analyse des 16S... Ou alors les mygales auraient un ARNr 16S ??? Mais là ça irait à l'encontre de mes années de FAC...

Sinon ses publies sont accessibles à ce monsieur ? Tu as les PDF ? le droit de les faire passer ?

Bull

Salut

trop technique pour moi

sinon, les spécialistes de l ADN chez les mygales sont Stuart LOnghorn, Henrik Krehenwinkel et Chris Hamilton

rapprochez vous d eux
voici le site de Chris , il est super sympa

http://www.8legs2fangs.com/Site/8legs2fangs.html

a plus
jm

Salut,

Stuart a peut être mal tapé lorsque l'on en a parlé par mail. Je n'ai pas ses publications ici.

Tu peut facilement trouvé un article qui parle de ce sujet sur internet :
Hedin & Bond 2006. Molecular phylogenetics of the spider infraorder Mygalomorphae using rRNA genes (18S and 28S) : conflict and agreement with the current system of classification. Molecular Phylogenetics and Evolution 41 (2006) 454–471.

Dans cet article il travaille sur du 18S

à toute,
Benoît

Et aussi le site de Stuart :
http://web.pdx.edu/~stul/

@+
Benoît

Waouw !

Merci !!!

Bull

hum mais dit donc il y'en a 2 qui se font plaisir! très intéressant votre discussion .
Je comprend mais pas de quoi alimenter votre débat.

Au plaisir de vous lire

yep c sur c'est super interessant surtout qu'a ce niveau la je n'y connais rien en mygales, j ai surtout des connaissances en bio cell, bio mol humaine par contre je ne suis pas d'accord avc toi eric, ADN et ARN au sens large sont 2 types de molecules bien distinctes et differentes structuralement et je ne pense pas me tromper en disant que l'ADNr (ribosomal) tout comme le m ou le t n'existe tout simplement pas, en tout cas je ne connais que l'ARNm, t, et r mais je suis ouvert a tte remarque! Par contre totalement d'accord au niveau de la structure de la petite et grde sous unite ribosomale concernant les eucaryotes.
a+

Bonjour,

Kévin tu pinailles !
Pour les ARN, tu as oublié les snoRNA et snRNA parmi tant d'autres...

Alors oui, l'ADN est bicaténaire, l'ARN est monocaténaire, la thymine (T) de l'ADN est remplacée par l'uracile (U), etc. mais en pratique on s'en fou ! Dans le cas où tu travailles directement sur l'ADN (comme je le faisais) tu utilises un protocole d'extraction d'ADN (genre CTAB ou kit miniprep/maxiprep). Si tu travailles sur les ARN, déjà c'est plus compliqué et plus chiant car on a plein de RNases sur les mains et un kit peut rapidement être contaminé (malgré l'utilisation de gants) mais sinon c'est idem, c'est des kit d'extraction (SV Total RNA Isolation System par exemple). Donc tu adaptes tes manips en fonction de ton matériel mais globalement c'est pareil : extraction - PCR (pour l'ADN) ou RT-PCR (pour l'ARN) ensuite hybridation de l'amplifiat avec une sonde U ou F (pour Universal ou Forward) ou R (pour reverse) et des ddNTP marqués pour au final envoyer le brin au séquenceur... C'est DANS CE SENS que je disais que quel que soit Acide nucléique ça reste du pareil au même... Mais c'est pas toujours le cas, on parle bien ici de séquençage...

L'avantage de travailler sur l'ADN, c'est qu'on peut envoyer les deux brins au séquenceur, brin sens et anti-sens ! Donc un moyen rapide et efficace de vérifier sa séquence !

Sinon, ON PARLE BIEN d'ADNr dans les publies ! On utilise ce terme pour désigner la région de l'ADN qui code pour l'ensemble des ARNr. C'est la zone principale contenant les gènes codant pour les ARNr 18S, 28S et 5.8S. L'ADN codant pour l'ARNr 5S est appelé ADNr 5S...
Chez les procaryotes, les gènes codant pour ces ARNr sont disposés en opérons dont la structure est toujours très semblable : trois gènes séparés par un intron codant pour l'ARNr 16S (gène rrs), l'ARNr 23S (gène rrl) et l'ARNr 5S (gène rrf).

Sinon ADNm et ADNt... Ca n'existe pas...

Bull

oh, la, la,!!! à cette heure ci , c'est impossible à comprendre pour moi! remarque en cherchant bien, meme en temps normal je ne comprends pas!!

Tu est systématicien éric ?

Slt Eric,
dsl pour le pinaillage^^
C'est juste que comme tu donnais bcp de précisions dans tes expliations, le fait de dire ADN et ARN c'est du pareil au même m'a choqué quoi!
Comme tu le dis, les 2 sont bien differents(B-D ribofuranose pour l'un, B-D 2' desoxyribofuranose pour l'autre au niveau des sucres pour compléter u peu la description de ces acides nucléiques ), les méthodes d'extractions, de clivage RNases DNases, les sondes radioatives utilisées sont différentes (par contre pas autant de niveau que toi niveau pratique^^ pour l'instant je ne fais que du théorique), mais je te comprend quand tu dis qu'au niveau séquencage ça revient plus ou moins au même puisque certains gènes vont coder pour un ARN et une fois que tu sais qu' au niveau bioch, le 2,4 dioxypyrimidine remplace le 2,4 dioxy 5 methylpyrimidine, c good!
Par contre tu m'apprends un truc là, je n'avais jamais entendu parler d'ADNr, jusque là quand je voulais faire référence à cet "ADNr", je parlais d'une région précise de l'ADN codant pour un ARNr. Donc dans le cas d'un ribosome, je parlais d'une region d'ADn codant pour un pré-ARN qui une fois clivé par différentes nucléases va former les 3 ARNr 28s, 18s et 5,8s. Ensuite le 28s, le 5,8s et le 5s synthétisé hors nucléole va s'associer avec je ne sais plus combien de protéines ribosomales pour former la grosse sous unité ribosomale 60s. Le 18s lui aussi, une fois associé avc certaines prot ribosomales, forme la petite ss-unitée ribo, et ces 2 RNP forment le ribo fonctionnel (80s).
Par contre j'aimerai bien que tu fasse tourner les publies dont tu me parles où figurent ces mentions d'ADNr, ça m'intéresse. Mais si ce terme qui me semble encore abérant existe bel et bien, je ne vois donc pas pourquoi il n'existerait pas pour l'ADNm ou t. Etant donné l'euchromatine, puisque certaines regions de cette dernière codent pour l'ARNm, l'ARNt et l'ARN5s, pourquoi dans le même esprit que "l'ADNr" ne pourrait-on pas parler d'ADNm, et t, encore une fois si ce terme existe réellement.
Par contre je ne connais pas encore le snoRNA, sn RNA, c quoi exctement leur fonction à ces 2 là?^^
En tout cas, bravo pour tes connaissances, on voit que tu as pas mal experimenté^^ pour cette histoire d'ADNr si je trouve le tps, j'en parlerais en amphi, et tu bossais dans quoi exactement à l'époque? Ca avait l'air bienn stylé
A+

Bonjour,

Alors oui, il y a parmi moultes différence de ribose/desoxyribose comme différence, les pas des hélices, les structures, bref, on pourrait en trouver une liste interminable.

On parle d'ADNr pour désigner la séquence d'ADN qui code pour les ARNr 18S, 5.8S et 28S qui sont au départ UN SEUL ARN précurseur (appelé pré-ARNr 45S) qui sera ensuite clivé pour donner les 3 ARNr 18S, 5.8S et 28S. C'est pour ça qu'on parle d'ADNr, car c'est une seule et même séquence (présente en plusieurs exemplaire dans le génome).

Si tu te demandes pourquoi présente en plusieurs exemplaires, c'est très simple, c'est parce que vu l'importance de la bestiole, la cellule et plus généralement l'organisme, ne peut se permettre d'y subir des mutations... Donc en ayant plusieurs exemplaires de cette séquence ADNr, on s'évite des mutations létales aléatoires.

Ce terme existe parce qu'il s'agit d'une région très précise de l'ADN, répétée plusieurs fois à l'identique (plusieurs copies du gène).

On n'utilise pas le terme de ADNm car ça n'apporterait strictement rien ! En gros un ADNm serait tout simplement un gène codant pour une protéine... Donc ~90% du génome codant...
Tandis qu'il n'y a que deux gènes pour l'ARNr...

Quant aux ADNt, il y en a ~40 et ils sont issu de gènes dits "non codant" et sont complètement dispersés dans le génome...

Bull

Slt,
Ok pour l'ARNm c'est vrai, pas grde utilite de nommer une sequence si elle represente 90% de l'euchromatine lol
Les 40 ARN de transfert c'est 40 ss la forme basique post synthese ou c la forme activee aminoacyle ARNt paske si c sous la forme basique on peut encore multiplier les 40 par les 21 ac amines dla synthese proteique ( genre pour l'initiation aminoacylARNt methionine) mais si leurs genes codant sont dissemines dans tt lgenome jcomprend pk on ne peut pas parler d'ADNt.
Mais pour les 2 genes de l'ARNr, je pensais que l'info genetique pour synthetiser le preARN etait contenu dans les NOR, les centres organisateurs nucleolaires qui contiennent des segments d'ADN d'environs 200 genes. En gros 200genes qui codent pour les ARNr sauf le 5s forcement.
a+

Y'en a deux qui s'éclatent je vois !!! ca l'air très intéressant, mais là je suis trop balade pour réflechir....

Bonjour,

Kévin.H a écrit:Mais pour les 2 genes de l'ARNr, je pensais que l'info genetique pour synthetiser le preARN etait contenu dans les NOR

C'est le cas...

Kévin.H a écrit:les centres organisateurs nucleolaires contiennent des segments d'ADN d'environs 200 gènes. En gros 200 genes qui codent pour les ARNr sauf le 5s forcement.a+

C'est le cas aussi... Mais c'est pas exactement 200 gènes, c'est 200 copies du même gène ! Ce qui fait une sacré différence !

Enfin voilà quoi

Bull

Je n'essaye même pas d'avoir ne serait-ce que le début de l'envie de comprendre ce que vous dites... ça serait peine perdu

Mais continuer sans moi hein, ça me dérange pas